Ngày 19/5/1959, Thường trực Tổng Quân ủy chính thức giao nhiệm vụ cho “Đoàn công tác quân sự đặc biệt” làm nhiệm vụ mở đường vận chuyển hàng quân sự vào miền Nam, tổ chức đưa đón bộ đội, chuyển công văn, tài liệu từ miền Bắc vào miền Nam và ngược lại. Để hoàn thành nhiệm vụ, Tổng Quân ủy, Bộ Quốc phòng quyết định biên chế bước đầu của Đoàn là 500 cán bộ, chiến sĩ. Ngoài Đoàn bộ, Đoàn được tổ chức thành Tiểu đoàn vận tải bộ 301 và các bộ phận: xây dựng kho, bao gói hàng, sửa chữa vũ khí, chế biến thực phẩm.
Ra đời tháng 5 năm 1959, Đoàn được mang phiên hiệu Đoàn 559 (đến ngày 12/9/1959, Bộ Quốc phòng ra quyết định chính thức thành lập Đoàn 559). Con đường đã được khai sinh đúng ngày sinh của Bác, nên được mang tên đường Hồ Chí Minh.
Với tinh thần “Xẻ dọc Trường Sơn đi cứu nước”, “Tất cả cho tiền tuyến, tất cả để đánh thắng giặc Mỹ xâm lược”, Bộ đội Trường Sơn từ một đơn vị nhỏ đã trưởng thành nhanh chóng, bao gồm nhiều lực lượng, trở thành một hướng chiến trường tổng hợp, lực lượng hiệp đồng binh chủng trên quy mô lớn “Ðánh địch mà đi, mở đường mà tiến”, “Sống bám đường, chết kiên cường dũng cảm”, “Máu có thể đổ, đường không thể tắc”, bộ đội và dân công hỏa tuyến Trường Sơn đã bảo đảm giao thông thông suốt trong mọi tình huống.
Suốt 16 năm (1959-1975), bộ đội Trường Sơn đã cùng quân, dân các chiến trường từng bước xây dựng con đường thành một lưới giao thông liên hoàn, vững chắc xuyên qua 21 tỉnh trên lãnh thổ 3 nước, với tổng chiều dài 20.000km đường ôtô, 600km đường sông, 1.400km đường ống dẫn xăng dầu, 1.500km đường dây thông tin, tổ chức vận chuyển hơn 2 triệu quân vào, ra chiến trường, hàng triệu tấn vũ khí, lương thực, thực phẩm, đạn dược, xăng dầu chi viện cho miền Nam. Trong 16 năm, Mỹ đã đánh phá ác liệt đường Trường Sơn để ngăn chặn miền Bắc tiếp tế cho chiến trường miền Nam. Các lực lượng trên tuyến vận tải chiến lược Trường Sơn đã chiến đấu trên 2.500 trận, diệt gần 17.000 tên địch, bắt 1.200 tên, gọi hàng trên 10.000 tên, bắn rơi 2.455 máy bay địch, phá hủy hàng vạn tấn vũ khí và phương tiện chiến tranh khác của địch. Để giành thắng lợi vẻ vang đó, hơn 2 vạn cán bộ, chiến sĩ, thanh niên xung phong đã hy sinh, gần 3 vạn người bị thương, hàng nghìn người bị ảnh hưởng nặng nề chất độc màu da cam của địch. Biết bao bộ đội, thanh niên xung phong, dân công hỏa tuyến, đồng bào các dân tộc đã hiến dâng cả tuổi thanh xuân của mình để giữ vững mạch máu giao thông trên con đường huyền thoại này.
Trong suốt cuộc kháng chiến chống Mỹ cứu nước, đất nước Việt Nam chịu 8 triệu tấn bom, riêng đường Trường Sơn đã hứng 4 triệu tấn.